לאחר בחירת הקבלן הזוכה והעברת המחירים שלו מהשוואת ההצעות אל כתב הכמויות מקימים בתוכנת בנארית חוזה. עם הקמת החוזה, משתנה הסטטוס של כתב הכמויות והמחירים שבו – כתב הכמויות הופך להיות חוזה, והמחירים שבו הם מעתה מחירי חוזה שמחייבים משפטית את שני הצדדים: מזמין העבודה והקבלן המבצע.
בחוזה ניתן להגדיר תנאים שונים שיחולו על חשבונות הביצוע שיגיש הקבלן, כגון:
- מקדמה והחזרי מקדמה: מקדמה היא סכום כסף שמשולם לקבלן לפני תחילת העבודות והחזרי המקדמה הם הקיזוזים מהחשבונות שמגיש הקבלן בגין המקדמה שקיבל.
- עכבון: סכום שיורד מכל חשבון חלקי שמגיש הקבלן, מוחזק אצל מזמין העבודה כבטוחה להשלמת העבודה במועד, ומוחזר לקבלן בתום הפרויקט כשהקבלן מגיש חשבון סופי.
- הפחתות בגין נושאים שונים (למשל ביטוח, ניקיון).
- התייקרות: הצמדה למדד/מטבע או סל מדדים ומטבעות (בדרך כלל כדי להגן על הקבלן מפני הפסד כספי שנובע מהיחלשות המטבע).