לעתים הקבלן שנבחר לבצע את העבודה לא מבצע את כל העבודות בעצמו אלא שוכר שירותים של קבלני משנה, למשל קבלן משנה לעבודות חשמל.
במצב כזה משתמש הקבלן הראשי בתוכנת “קבלני משנה” של בנארית כדי לנהל את החוזים ואת החשבונות מול קבלני המשנה.
באמצעות השילוב של תוכנת קבלני משנה ותוכנת השוואת הצעות, יכול הקבלן הראשי גם לנהל מכרזי משנה כדי לבחור את קבלן המשנה באמצעות השוואת הצעות מחיר ממספר קבלני משנה.